Ένα από τα κεντρικά σωφρονιστικά ιδρύματα της Αθήνας, οι Φυλακές Αβέρωφ αποτέλεσαν έδρα και βασικό κατάστημα της γερμανικής στρατιωτικής δικαιοσύνης κατά την περίοδο της Κατοχής.
Το συγκρότημα των Φυλακών Αβέρωφ οικοδομήθηκε το 1892, με δαπάνη του εθνικού ευεργέτη Γεωργίου Αβέρωφ και το ίδρυμα εγκαινιάστηκε στην επέτειο των γάμων του βασιλιά Γεωργίου Α’ και της βασίλισσας Σοφίας. Αρχικά, λειτούργησε ως σωφρονιστήριο ανηλίκων και, από το 1915 μέχρι το 1971, ως κανονικό δεσμωτήριο.
Κατά την περίοδο της δικτατορίας του Ιωάννη Μεταξά (1936-1941), οι Φυλακές χρησιμοποιήθηκαν ως τόπος εγκλεισμού κομμουνιστών και άλλων αντιφρονούντων. Τα πρώτα χρόνια της Κατοχής (1941-1943), την λειτουργία τους ανέλαβαν και ενίσχυσαν οι ιταλικές κατοχικές αρχές, επεκτείνοντας τις πτέρυγες και ιδρύοντας τμήμα ανηλίκων.
Στις Φυλακές Αβέρωφ παραπέμπονταν όσοι καταδικάζονταν από το ιταλικό στρατοδικείο για μικρά ή μεγάλα ποινικά αδικήματα και παραπτώματα, μέλη αντιστασιακών οργανώσεων, καθώς και οι εκατοντάδες διαδηλωτές που είχαν συλληφθεί κατά τη διάρκεια των μεγάλων συλλαλητηρίων της Αθήνας τον Φεβρουάριο, Μάρτιο και Ιούλιο του 1943. Τον Αύγουστο του 1943, υπήρχαν περίπου 1.200 κρατούμενοι καταδικασμένοι σε διάφορες ποινές και οι ομαδικοί θάλαμοι ήταν υπερπλήρεις.
Τις παραμονές της ιταλικής συνθηκολόγησης, οι Ιταλοί κατέστρεψαν όλα τα αρχεία της διοίκησης και τους φακέλους με τις υποθέσεις των εγκλείστων. Μετά τις 8 Σεπτεμβρίου 1943, οι Φυλακές πέρασαν στην δικαιοδοσία των Γερμανών οι οποίοι, ως δείγμα καλής θέλησης, απέλυσαν τους περισσότερους κρατουμένους, εκτός από 40 περίπου αντιστασιακούς, οι οποίοι εκτοπίστηκαν στα γερμανικά στρατόπεδα.
Υπό τον γερμανικό έλεγχο, οι Φυλακές, με φρουρά 200 περίπου ανδρών (5 αξιωματικούς, 80 υπαξιωματικούς, 92 οπλίτες), υπήρξαν βασικός χώρος εγκλεισμού για χιλιάδες πολίτες και αγωνιστές της Αντίστασης από την Αθήνα και την επαρχία. Επίσης, χρησίμευσαν ως κομβικό σημείο της γεωγραφίας των εκτελέσεων στην περιοχή της πρωτεύουσας, καθώς εξελίχθηκαν σε διαμετακομιστικό κέντρο από και προς τα κρατητήρια των Ες-Ες (Schutzstaffel / SS) στην Οδό Μέρλιν και το Στρατόπεδο του Χαϊδαρίου.
Στα χρόνια του Εμφυλίου (1946-1949) και μέχρι τη δεκαετία του 1960, φυλακίστηκαν εκεί χιλιάδες αριστεροί πολιτικοί κρατούμενοι. Το κτίριο κατεδαφίστηκε το 1971 και στη θέση του οικοδομήθηκε το μέγαρο της λεωφόρου Αλεξάνδρας που στεγάζει τον Άρειο Πάγο, το ανώτατο πολιτικό και ποινικό δικαστήριο της χώρας.
